九二一大地震後，台灣許多特有魚種棲地都遭受破壞瀕臨滅絕，農委會資料顯示，台灣河川魚類原本有一百六十多種，其中特有種達三十餘種，但超過廿種已瀕臨絕種或是已經絕種。

台灣淡水魚博物館館長何恭炤舉例，之前台灣中部偶爾可見的台灣白魚，現在已很難尋獲。造成魚種滅絕的原因有人為因素，也有大環境使然。日治時代，日本人為了杜絕瘧疾而引進了大肚魚，造成了本土青鱂魚消逝。此外，耕地大幅縮減，農藥的使用，也使得許多生存在田澗水塘的魚類減絕。

還好已經有人投入復育工作，也初見成效，過去蓋斑鬥魚曾因外來種的入侵而瀕臨絕種，近年來已有計畫地進行復育。

何恭炤說，儘管復育工作持續進行，但合適的放流地點愈來愈少，棲地的復原需要政府和國人更多的努力，否則將來要看台灣魚，只有在博物館見了

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