Our Horizon.prj

Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) Data Bank

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

The Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) is a non-profit consortium dedicated to improving our understanding of the function of biological systems through the study of the 3-D structure of biological macromolecules. RCSB members work cooperatively and equally through joint grants and subsequently provide free public resources and publications to assist others and further the fields of bioinformatics and biology.


National Center For Biotechnology Information

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Established in 1988 as a national resource for molecular biology information, NCBI creates public databases, conducts research in computational biology, develops software tools for analyzing genome data, and disseminates biomedical information - all for the better understanding of molecular processes affecting human health and disease.


Immorality Institute

http://www.imminst.org/

Life extension may seem far-fetched to many, but it's not a fantasy. Driven by a convergence of numerous technological advancements, including Biotechnology, Cryopreservation, Nanotechnology and Artificial Intelligence, progress in life extension has already started. To advance global awareness, the Immortality Institute hosts an online forum, publishes books, produces films and sponsors conferences.


國網中心生物知識庫與生物計算服務系統

http://bioinfo.nchc.org.tw/index.php


國網中心化學與生物資料庫系統

http://chem5.nchc.org.tw/software/


Bio.com

http://www.bio.com/index.jhtml

he life science research community is a uniquely vital component of our society. Those dedicated to gaining an understanding of fundamental biological processes appreciate its profundity and, along with the casual observer, are aware of its value to an improved quality of life. Bio.com exists to create a distributed, online community of scientists, professionals, businesses and organizations supporting the life sciences for the purpose of facilitating communications and disseminating information within that community. Opening channels of information can only benefit those who strive to contribute to these endeavors, and we are very pleased to have an opportunity to participate.

Bio.com is the successor to BRNI, an Internet project initiated in early 1992. At that time, the Internet was used solely for research purposes and I had no preconception that its use would become as wide-spread and general as it is today. In retrospect, it's difficult for even me to recall that we were one of only 50 websites that existed worldwide in 1992. We've watched the rise and fall of the "dot.com" boom and have proudly remained true to our cause through it all. It has been a challenge for us to grow and adapt to the rapidly changing Internet environment, and it often seems that our long-range plans change weekly. Consequently, Bio.com continues to be a work in progress-with dynamic goals and dimensions. Please utilize and judge Bio.com accordingly.

We solicit your participation. Your comments, suggestions and criticisms are invited. We are open to discussing collaborations with other organizations and motivated individuals. Oddly, despite the large number of professionals using Bio.com, we do not receive the level of feedback we desire. It amazes me how our acceptance has grown to the point that we seem to be somewhat taken for granted. Perhaps the best indication of this is the sudden response we get whenever a server goes down.

Bio.com is a commercial enterprise, owned and operated by BIO.COM. We are not funded by the government and have not requested any form of tax-exempt status. We believe that free enterprise affords us the greatest latitude to pursue our goals with the least compromise due to bureaucracies and politics. In effect, we are willing to allow our success to be based on the value we yield. And, we continue to grow as we enter our 10th year in business.

Why do we quote the Tao? It is a simple reminder that our purpose is not to change the world, but to be a part of it. To that end, we feel that we've been very successful as our participation and contributions are beyond dispute.


華文生技網

http://www.bioweb.com.tw/


國家高速網路與計算中心

http://www.nchc.org.tw/

基因體研究所(TIGR)資料庫
http://www.tigr.org/db.shtml

TIGR資料庫(http://www.tigr.org/db.shtml)原先由基因體研究所(The Institute for Genomic Research，TIGR)所維護，於2006年10月TIGR與數個研究單位合併成為新J. Craig Venter研究所(new J. Craig Venter Institute，JCVI)，其他單位包含有J. Craig Venter科學基金會、Joint Technology Center以及Institute for Biological Energy Alternatives (IBEA)，目前這些單位形成了一個多領域的基因體研究機構，共計有超過500個科學家及成員，以及二十五萬平方英呎的實驗室空間，坐落於馬里蘭州的Rockville以及加州的La Jolla，並且新J. Craig Venter研究所是世界的基因體研究領導者，因此，目前TIGR資料庫由JCVI做為主要的維護者。

TIGR的基因體計畫是要收集經專家確認的資料庫，包含有DNA及蛋白質序列、基因表現、細胞角色、蛋白質家族以及微生物、植物及人類的分類資料。共包含下列資料庫：

1. 綜合微生物資源網(Comprehensive Microbial Resources，CMR)
這個資料庫儲存了所有公開的完整原核生物基因體資訊，並透過免費的網頁進行展示，除了可以很方便的在一個網站同時取得所有物種資料，儲存於資料庫裡的各資料型態也囊括各個物種，並且跨物種的分析指出各個不同基因體之間的異同處。目前此資料庫共收集401種物種，其中370種為細菌、28種古生菌，以及3種病毒。其網址為：http://www.tigr.org/cmr。

此資料庫提供的服務包含有：

(1) 基因體工具(Genome Tools)：此工具可以尋找物種清單及統整資訊，並且可以分析選擇的基因體。
(2) 搜尋(Searches)：此工具可以針對CMR搜尋基因、基因體、序列區域以及與其他資料庫的相關資訊。
(3) 比較工具(Comparative Tools)：此工具可以設定各種不同的條件，進行多基因體比較，包含序列同源性以及基因特性，SNP的資料也可在此工具中搜尋。
(4) 清單(Lists)：此工具可以選擇下載基因及與其他資料庫相關聯的資訊清單。
(5) 下載(Downloads)：此工具可以下載所有基因序列或是CMR中其他特性資料，或是連結到他們的FTP網站。


2. 尚未完成的微生物基因體(Unfinished Microbial Genomes)
目前共有100種(或品系)尚未完成的微生物基因體在此資料庫中，這些基因體正由基因體研究所進行定序、組合及註解當中，涵蓋了重要的環境、衛生及食品產製相關的微生物物種。此資料庫提供的資料及服務包含有該物種分類相關訊息，以及可以對該物種進行序列比對的功能。其網址為：http://www.tigr.org/tdb/ufmg/index.shtml。

3. 植物基因體(Plant Genomics)
此部份收集了諸多植物物種的基因體序列及註解資料庫，以及功能性基因體資料庫，序列及註解資料庫包含有蓖麻子(Castor bean)、小麥、阿拉伯芥、稻米、玉米、松樹、苜蓿(Medicago truncatula，為豆科模式植物)以及植物重複序列，而功能性基因體資料庫部份，包含有馬鈴薯，以及玉米、稻米、阿拉伯芥的寡核苷酸微陣列資料庫。其網址為：http://www.tigr.org/plantProjects.shtml。

4. 寄生蟲資料庫(Parasites Databases)
此部分收集了數種完成及未完成的寄生蟲基因體資料庫，包含有派金蟲(Perkinsus marinus，寄生於軟體動物的寄生蟲)、小泰勒蟲(Theileria parva，藉壁蝨傳染的牛隻寄生蟲)、焦蟲(Babesia bovis，牛隻寄生蟲，亦會感染人類)、馬來絲蟲(Brugia malayi，經由蚊類感染人類的寄生蟲)、痢疾阿米巴原蟲(Entamoeba histolytica)、瘧原蟲(Plasmodium spp.)、弓蟲(Toxoplasma gondii，貓科動物寄生蟲)、陰道鞭毛滴蟲(Trichomonas vaginalis)、錐蟲(Trypanosoma spp.，造成昏睡病及查洛斯病的病原體)，以及血吸蟲(Schistosoma mansoni)等。其網址為：http://www.tigr.org/parasiteProjects.shtml。

5. 其他真核生物計畫(Other Eukaryotic Projects)
此部份包含了四膜蟲(Tetrahymena thermophila，一種鞭毛蟲)、埃及斑蚊(Aedes aegypti)載體、馬鈴薯粒線體基因體資料庫，以及小繭蜂病毒(Bracovirus)比較基因體資料庫。其網址為：http://www.tigr.org/eukProjects.shtml。

6. 基因目錄(Gene Indices)
The Gene Index(TGI)計畫目標在於大規模收集不同物種(包含動物、植物、真菌及單細胞生物，共計91種生物)的完整基因目錄，EST序列提供了大部分基因存在的證據以及該基因的結構，所以利用這樣的序列進行基因的註解，另外他們亦提供不同物種間相關基因與調控網路的交互參照，使得研究人員更能容易瞭解基因的調控機制。原先TGI由位於馬里蘭的基因體研究所(TIGR)所維護，目前已轉移至哈佛大學Dana-Farber癌症研究所維護。其網址為：http://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/。

7. TIGR蛋白質家族(TIGRFAMs)
TIGRFAMs是利用隱藏式馬可夫模型(Hidden Markov Models，HMMs)所建立的蛋白質家族，利用此網站可以瀏覽各個蛋白質家族經確認的種子序列的排比狀況，以及所有家族成員全序列相互排比的結果。除了排比結果外，此網站亦對各蛋白質進行功能分類，可以查詢到基因所扮演的角色，以及相關的文獻資料。其網址為：http://www.tigr.org/TIGRFAMs/。

8. 真菌資料庫(Fungal Databases)
此部份包含了麴菌(Aspergillus spp.)以及新型隱球菌(Cryptococcus neoformans)等基因體資料庫。其網址為：http://www.tigr.org/tdb/fungal/index.shtml。

9. 瘤胃纖維分解菌(Fibrolytic Ruminal Bacteria)
纖維分解菌為牛隻體內協助消化植物纖維的共生菌，在畜牧業發達的現在，增進菌體分解纖維能力可以加速牛隻營養的吸收，以促進肉牛或乳牛的生長，以求得更多的產量，故進行牛隻瘤胃纖維分解菌的基因體計畫。此網站共計有下列為菌體的基因體資料庫：Fibrobacter succinogenes S85、Ruminococcus albus 8、Ruminococcus flavifaciens、Prevotella ruminicola、Clostridium acetobutylicum ATCC824、Wolinella succinogenes。其網址為：http://www.tigr.org/tdb/rumenomics/。

10. TIGR微生物監測站(TIGR Microbial Observatories)
基因體研究所在美國四地設立海洋微生物監測站，分別是蒙特利灣(Monterey Bay)、夏威夷海域時間序列測站(Hawaii Ocean Time Series)、德拉瓦灣(Delaware Bay)以及南冰洋(Antarctic Ocean)。這些觀測站於海洋環境中取樣，並建立大型基因庫，進行序列比對分析註解，甚而進行全基因體序列的定序，以建立監測所有海洋微生物的DNA微陣列，做為探究生物起源以及監測環境變化的基石。其網址為：http://www.tigr.org/tdb/MBMO/。

11. 基因體特性資料庫(Genome Properties Database)
這個資料庫包含有從完整序列的基因體中，萃取出可以數值化或是有明確文字定義的原核生物特性，而這些數值與定義都是經由電腦程式的計算，並經過人工確認後的結果，這些特性包括分類地位、基因體數值計算、生化代謝路徑、大分子的交互作用，以及一些從文獻收集的實驗觀測(表型)結果。其網址為：http://www.tigr.org/tigr-scripts/CMR2/genome_properties。

12. 感染性病原基因體資料庫(Gemina)
Gemina是Genomic Metadata for Infectious Agents的縮寫，是一個設計來從相關的流行病資料中，鑑別感染性病原體以及他們的代表基因體序列的網頁系統，Gemina支援偵測病源體的特徵試驗法，或是一系列的由馬里蘭大學建立的Insignia特徵流程法建立的病原體。使用者可以經由選擇病源體、宿主、疾病、分類地位，以及傳染途徑查詢相關資料。其網址為：http://gemina.tigr.org/。


UNO GenomeBlast

http://bioinfo-srv1.awh.unomaha.edu/genomeblast/index.php

GenomeBlast是一個發展來進行多個小型基因體的比對分析網頁工具，引進的一個新的參數「覆蓋率(coverage)」，並且用在序列相同度來評估全域基因相似程度。有了GenomeBlast，可以得到下列結果：(1)每一個基因體單一基因；(2)比較的基因體間可能的同源基因；(3)每一個基因體間的同源基因二維相似圖；(4)每一個基因存在與否的列表，以及基因體的親源關係圖。GenomeBlast架構在具有4顆CPU，4GB記憶體的Linux伺服器上。


Mauve (Multiple Genome Alignment)

http://asap.ahabs.wisc.edu/mauve/index.php

Mauve是一種有效的建立多基因體序列比對的工具，可用來鑑定並比對存在具重新排列以及水平轉移的保留性基因體序列，多基因體序列比對工具提供了一個進行比較基因體學或是演化分析的新規模，比對整個基因體與比對短序列，基本上是不一樣的問題。

這程式已經被用來進行9種腸內菌 (enterobacteria) 的基因體序列比對，並建立所有重新排列的結構在三種哺乳動物的基因體。


The Gene Index Project

http://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/

The Gene Index(TGI)計畫目標在於大規模收集不同物種的完整基因目錄，EST序列提供了大部分基因存在的證據以及該基因的結構，所以利用這樣的序列進行基因的註解，另外他們亦提供不同物種間相關基因與調控網路的交互參照，使得研究人員更能容易瞭解基因的調控機制。原先TGI由位於馬里蘭的基因體研究所(TIGR)所維護，目前已轉移至哈佛大學Dana-Farber癌症研究所維護。


TaiBNET (Taiwan Biodiversity National Information Network)

http://taibnet.sinica.edu.tw/

台灣生物多樣性資訊網(TaiBNET)建立了國內本土生物多樣性專家名錄以及台灣物種名錄兩個資料庫，目前已收集台灣分類及生態專家690人，以及7界共46645種生物物種，台灣物種名錄為一分類階層樹狀名錄，使用者可以輕易的了解該物種在分類上的地位階層，此資料庫亦具備查詢介面可供使用者查詢。


HuGEIndex (Human Gene Expression Index)

http://www.biotechnologycenter.org/hio/

HuGEIndex網站的目標在於提供一個廣泛性的資料庫，來了解人類基因在正常組織中的表現，研究人員利用高密度的寡核甘酸微陣列技術取得數千個基因的mRNA表現量，並以此為基礎建立資料庫。目前資料庫共分為四個，分別是HuGEIndex、Standard Gene Set、Housekeeping Gene 以及Mesothelima Database。


Webtraceminer (a public web service for processing, and mining EST trace files)

http://www.conifergdb.org/software/wtm

WebTraceMiner 是設計來處理原始 EST 序列圖檔的公開服務，著重在偵測探勘序列的特徵，並幫助標示序列兩端插入的 cDNA，包含有載體片段、轉接體和連接體序列、限制酉每辨識位置，以及 polyA 或 T 尾 。


KEGG PLANTS EGENES

http://www.genome.jp/kegg-bin/create_kegg_menu?category=plants_egenes

EGENES 是一個多物種的整合性資源，包含有基因體、化學以及基因體資訊，組成一個完整的基因或分子群，並且接成了一個生物反應路徑來代表細胞功能，利用 EGENES 目前亦可以進行基因體路徑註解與 EST 註解的相互比對。


CellDesigner

http://www.celldesigner.org/

CellDesigner是一個結構化的基因調控及生化網路圖示編輯器，利用根據系統生物標示語言(System Biology Markup Language，SBML)建立的圖形標記，即可繪製基因調控及生化網路展示模組，此網路甚至可利用系統生物工作平台(System Biology Workbench)連結至分析工具進行模擬。


VisANT

http://visant.bu.edu/

VisANT是一個用來視覺化以及分析不同形式的生物交互作用網路，並且以網頁為基礎的軟體架構，它具有下列功能：(1)一個可用來合併及註解網路資料的視覺化介面，(2)支援來自GeneOntology及KEGG資料庫的不同生物基因體功能及註解資料，(3)具有統計分析工具可分析使用者自行定義的網路。


KGML-ED

http://kgml-ed.ipk-gatersleben.de/

KGML-ED是一種可以動態、互動及編輯KEGG反應路徑圖譜的方法，利用一種新的結合半靜態及動態視覺化的方法，即可轉化為KEGG標示語言(KGML)呈現視覺化的瀏覽，亦可編輯或重新創造新的KGML檔案。


EBI 2can

http://www.ebi.ac.uk/2can/

歐洲生物資訊研究所(EBI)建立此一網站提供簡明分子生物與生物資訊學的基本概念介紹，目的在於讓使用者能夠瞭解EBI提供了哪些工具及資料庫，並且讓他們所提供的服務能夠更容易的上手使用，並且提供許多類似資源的網站供使用者瀏覽。


EBI Biomart Project

http://www.biomart.org/

BioMart是由歐洲生物資訊研究所(EBI)與冷泉港實驗室(CSHL)共同開發的一套查詢導向的資料管理系統，這個系統可依據不同的需求安裝不同的工具與介面，也能接受各種不同的格式的資料。
BioMart內建有針對處理大量資料時的查詢最佳化功能，以便處理基因體序列或是微陣列實驗資料。
BioMart的資料可透過網頁或是Java介面查詢，目前BioMart軟體是開放源碼的，可由EBI網站下載安裝使用。


ISB BioTapestry Project

http://www.biotapestry.org/

BioTapestry是由美國系統生物學研究所(Institute of Systems Biology)以及加州科技研究所(California Institute of Technology)，共同建置的一套可以建立、視覺化及模擬基因調控網路的互動式工具，這個軟體利用Java寫成的，具有可以跨平台的特性，可透過網頁啟動。
建置這軟體的目的在於能夠完整呈現一個發育調控網路模型，例如他們利用這個軟體建置了海膽中胚層發育的調控網路模型。


LICR pSTIING

http://pstiing.licr.org/

pSTIING是由美國Ludwig癌症研究所(Ludwig Institute for Cancer Research)建置的一套可以透過網頁公開使用的知識庫系統，他們從文獻、生化實驗、活性實驗以及活體研究中，統整了人類、大小鼠、果蠅、線蟲與酵母 菌的資訊內容，包含有發炎、細胞遷移以及腫瘤形成時，蛋白質與蛋白質、蛋白質與脂質、蛋白質與小分子、配體與受體交互作用、受體與細胞形式以及轉錄調控、 訊息傳導等模組資訊。
這個知識庫系統可以幫忙動態建立蛋白質交互作用與轉錄調控與訊息傳導網路圖，可以讓使用者瞭解各個參與分子與訊息之間交互連繫的重要關係。


FHCRC BioConductor

http://www.bioconductor.org/

BioConductor起初是由Fred Hutchinson癌症研究中心發起的計畫，之後有許多來自不同國家的研究人員參與，這個計畫是一個為了分析理解基因體資料的開放源碼計劃。
這個計畫以R統計程式語言為基礎，搭配R統計語言可以進行許多的基因體資料分析，每年會推出兩個更新版本，或是搭配著R統計語言版本更新，大部分的BioConductor的套件是用來分析各種不同基因微陣列資料的。

R統計程式語言http://www.r-project.org/


BioLinux

http://www.biolinux.org/

BioLinux是一個收集許多容易安裝的生物資訊工具RPM套件的中心，生物學家不需花很多時間在安裝及調整這些複雜的工具上，只要下載這些RPM套件，一個簡單的指定就可以安裝好，並且可以馬上使用。
BioLinux並不打算成為一個Linux發行套件(像是RedHat或SuSE)，但他們為這些現有的Linux發行套件提供RPM套件，目前可以適用的Linux發行套件有RedHat 9 (Shrike)、Fedora Core 1 (Yarrow)、Fedora Core 2 (Tettnang)以及SuSE 9.1。


CNRS TCoffee

http://www.igs.cnrs-mrs.fr/Tcoffee2/tcoffee_cgi/index.cgi

TCoffee收集了計算、評估與操作多重蛋白質序列及結構比對的工具，包含了TCoffee、MCoffee以及3DCoffee等程式。
原先版本的TCoffee是用來進行多重蛋白質或核酸序列比對的套件，從2.0版以後，提供了序列以及結構的比對。TCoffee可以將不同的多重或雙序 列比對、廣域與區域比對的結果組成單一的結果，使用者的序列比對結果可能來自不同來源，但TCoffee可以將這些結果以一個統一的標準來重新評估。此軟 體亦可下載至使用者的伺服器中使用。


TargetIdentifier

https://fungalgenome.concordia.ca/tools/TargetIdentifier.html

TargetIdentifier是一個用來鑑定EST所組成的contig與singleton是否為full-length cDNA的網頁伺服器，利用BLASTX做為後端的計算的工具，尋找蛋白質的轉譯區域與可能的起始與終止密碼子，並利用計算結果提供使用者判斷是否該序列 為full-length cDNA。


TreeView X

http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/

TreeView X是一個展示演化樹的開放原碼程式，可以安裝在Linux、Unix、MacOS X以及Windows作業系統上，這個軟體可以展示NEXUS以及Nweick格式的樹檔，例如利用PAUP*、ClustalX、TREE- PUZZLE等程式產生的樹檔。


NIH Image Home Page

http://rsb.info.nih.gov/nih-image/

美國國家衛生研究院的網站，其發展的軟體Image可以擷取，展示，編輯，強化，分析並對影像製作動畫。可讀取的檔案格式有：TIFF，PICT，PICS及MacPaint等。內含了基本的影像處理功能：例如：對比強化，密度分佈描繪，平滑化，尖銳化，邊緣偵測，中通濾波，空間迴旋計算等。

NIH Image的下載連結為：http://rsb.info.nih.gov/nih-image/download.html


NIH ImageJ Home Page

美國國家衛生研究院發展的一套JAVA-based影像處理軟體，是開放的軟體，可以展示，編輯，分析及儲存8位元，16位元，32位元的影像。由於它的彈性很大，使用者可以依照自己的需求撰寫程式，並以插件（Plug-in）的方式加入ImageJ，支援的檔案格式也有很多種。例如DICOM，JPEG，TIFF，PNG，GIF及BMP等等。可使用的平台也不少：例如Windows，Linux，Mac OS。

網站連結為http://rsb.info.nih.gov/ij/
http://rsb.info.nih.gov/ij/download.html


Visible Human Project

http://www.nlm.nih.gov/research/visible/

The Visible Human Project® 為NLM（National Library of Medicine）在1986年的ㄧ個長期計畫產物。為ㄧ個詳細完整的人體3D掃瞄資料，包含了男性及女性全身的CT及MR影像。 可以以橫切面影像的方式呈現，男性的切面間距為1㎜，女性則為1/3㎜。這個計畫的目的是為了建立完整且有系統的人體影像資料庫。


DICOM

http://medical.nema.org/

DICOM（Digital Imageing and Communications in Medicine）為醫療影像資訊標準協會制訂的一些規章，關於醫學影像部分制訂了不少規格。主要是訂定各種醫療影像相關資訊之共同交換格式，其發展的主要目的是推動開放式與廠牌無關的醫療數位影像的傳輸與交換。
ㄧ個關於DICOM的有用資源：
http://www.jfcr.or.jp/DICOM/dicom_resources_19970219.html
台灣DICOM：http://www.dicom.org.tw/


BioImage DataBase

http://www.bioimage.org/

BioImage Database是隸屬於European Commission-funded ORIEL (全名為 Online Research Information Environment for the Life Sciences )計畫下的ㄧ部分。主要的目的是提供一般研究社群有彈性並足夠的多維生物影像資料庫。


Whole Brain Atlas

http://www.med.harvard.edu/AANLIB/home.html

美國哈佛大學醫學中心建立的人類大腦地圖導覽器，有提供GUI讓使用者觀看腦部的影像。還有許多腦部病變的簡介和圖像，是互動性很高的網站。


3D-DOCTOR: Vector-Based 3D Medical Modeling and Imaging Software

http://www.ablesw.com/3d-doctor/

商業的醫學影像處理軟體，主要用途在三維重建方面，應用在MRI，CT或顯微影像等。支援灰階及彩色影像，讀取的檔案格式也不少：例如DICOM，TIFF， Interfile， GIF， JPEG，PNG， BMP， PGM， MRC， RAW等。不過價格蠻貴的。


ImageMagick

http://www.imagemagick.org/script/index.php

ImageMagick是一套免費的影像處理軟體，它可以轉換讀取支援很多種的影像格式，在大部分的作業系統上也可以運作。操作模式可透過指令列，GUI及函示庫（library）等方法並擁有以下程式語言的API：C，C++，Java，Lisp，Pascal，Perl，PHP，Ruby，及TCL。功能很強大。


VTK：The Visualization ToolKit

http://www.kitware.com/
http://www.vtk.org/index.php

The Visualization ToolKit （VTK）是由Kitware公司開發的一套開放免費的軟體或函示庫，主要應用在3D電腦圖學，影像處理及影像呈現方面。在各種影像處理應用程式中廣泛的被應用，也包含了醫學影像處理的格式。


OsiriX

http://www.osirix-viewer.com/

OsiriX是一套DICOM瀏覽軟體，適用在MacOS X上，用來處理DICOM檔案及PACS網路，也就是能透過PACS網路來接收遠端的DICOM資料。它主要是被設計來處理影像結合，心臟CT影像，PET影像，MRI影像及三維重建。


etdips

http://www.cc.nih.gov/cip/software/etdips/

etdips的全名為exploratory two/three dimensional image processing system，是由美國NIH發展的。為三維體積展示及分析軟體，適用的平台為Windows，使用OpenGL library此函示庫來做三維描繪及展示，支援volume/surface rendering及多種影像格式。


AMIDE

AMIDE的全名為Amide’s a Medical Imaging Data Examiner，是一套自由軟體，可以用來檢視，分析並對醫學影像做對準。利用GTK+/GNOME發展並適用於多種平台（Linux，Windows， Mac OS X），支援普遍的醫學影像格式。

http://amide.sourceforge.net/


OSIRIS

http://www.sim.hcuge.ch/osiris/01_Osiris_Presentation_EN.htm

OSIRIS是由University Hospital of Geneva所發展的醫學影像軟體，可以分析操作大部分的醫學影像格式。基本的操作工具如對比調整，密度調整，ROI操作，角度及距離測量，體積計算等。目前支援的平台主要是Windows，MacOS X，MacOS 9。


Medical Image Samples

http://www.barre.nom.fr/medical/samples/

這是ㄧ個法國人建的網站，裡面提供了許多醫學影像資料，包含了CR，CT，MR，OT，US，NM，XA等等影像。可以提供醫學影像程式開發者測試的樣本，沒有任何版權宣告，但希望是用在研究方面。


MRI Brain Atlas of Monkey

http://www.med.nihon-u.ac.jp/department/physiol1/index.html

日本大學醫學部提供的猴子（日本猴Macaca fuscata）腦部MRI醫學影像，影像格式全為JPG，每張影像厚度為2㎜。


dicom2

http://www.barre.nom.fr/medical/dicom2/

dicom2是一套自由軟體，顧名思義，是用來轉換各種醫學影像格式的工具，從DICOM檔案轉換成其他格式或從其他檔案格式轉換為DICOM亦可。操作方式是指令列模式，支援的作業系統有Linux及Windows。


SNAP

http://www.ia.unc.edu/dev/download/snap/index.html

SNAP提供了自動分割機制（Snake Automatic Partitioning），提供了演算法方便使用者自動圈選影像上的特定區塊，例如：Region-probability snake及Propagation snake stopping at region discontinuities。


Valmet

http://www.ia.unc.edu/dev/download/valmet/index.htm

Valmet是一種影像分割的工具，內含了多種分割演算法，例如Overlap ratio，Haussdorf distance，Surface distance及Probabilistic overlap。也提供了動態2D與3D展現，不同的區塊可以不同的顏色來標記。處理之後的結果可以匯出為Excel格式。


IRIS

http://www.ia.unc.edu/dev/download/iris/index.html

RIS 2000是一套跨平台的醫學影像軟體，可以在Unix及Windows上使用，並提供了GUI介面。這套軟體主要是被發展來協助醫生建立腦部立體影像，但是在其他三維影像方面也可使用，它的人機介面提供四個子視窗，分別為x軸，y軸，z軸及立體影像。


IsoSurf

http://svr-www.eng.cam.ac.uk/~gmt11/software/isosurf/

IsoSurf是由劍橋大學醫學影像小組Graham Threece所發展的ㄧ個Package，它實現了Regularised Marching Tetrahedra 來描繪Iso-surface，目前沒有GUI介面，由指令模式操作，所以支援很多環境，包括SGI Irix，Linux，Macintosh，Solaris，Windows等。


LONI: Laboratory of Neuro Imaging, UCLA

LONI首頁：

http://www.loni.ucla.edu/

LONI 影像展示系統：

http://www.loni.ucla.edu/SVG/index.php

語言：英文

LONI 是美國加州州立大學洛杉磯分校的神經影像實驗室所建置的腦神經資料庫。它包含了人類與鼠類的腦部結構與神經網絡等等的各種珍貴實驗資料。此網站的影像展示系統(Visualization Showcase)有以生動活潑的動畫或圖形模式介紹多種腦部解剖構造與作用機制，也有進階版的深入影像研究資料索取服務提供給註冊會員。


小小神經科學

語言：中文

小小神經科學是Neuroscience for Kids網站的台灣鏡像版，是專為兒童設計的腦神經知識介紹網站。網站內容包羅萬象，有腦神經的構造、相關疾病、藥物等等介紹，還有腦部活動的實驗和遊戲、神經科學新聞與其他探討神經系統的網路資源等等。原始網站的作者為美國華盛頓州立大學的神經科學家Dr. Eric H. Chudler，由於這個網站內容豐富有趣而且淺顯易懂，因此已經被翻譯成多國語言；不只是兒童，對於中、大學生甚至一般民眾也都非常實用。

小小神經科學首頁：

http://www.dls.ym.edu.tw/neuroscience/neurok_c.html

Neuroscience for Kids原始網站：

http://faculty.washington.edu/chudler/neurok.html


The Molecule of the Month

語言：英文

每個月都有來自歐、美、亞洲等世界各國的學者提供不同的化學分子簡介；包含了每個分子的結構、用途、歷史等等。從1996年開站迄今，已經收集了一百多個分子的簡介。

網址：http://www.chm.bris.ac.uk/motm/motm.htm


通俗科學網

語言：中文

由交大的教授秉持著網路教學的理念所策劃的一個教學網站，內容十分豐富且包羅萬象。有每週一篇的科技新知報導、收集一些學者以及其他科學家的著作與書評等等所集結而成的網路教室、還有收集了許多科學相關領域雜誌簡介與網站的科普雜誌單元。

此外，該網站還開闢了科普影視的單元，將知名的BBC或是DISCOVERY所曾發行的影片依照主題分類介紹；而經典好站則是將各個領域的優良網站依照類別和語言加以整理，以便讀者查詢利用。

網址：http://sci.nctu.edu.tw/


Allen Brain Atlas

語言：英文

由美國知名的Allen腦科學研究中心(Allen Institute for Brain Science)以及自然雜誌(Nature Publishing Group)共同合作經營的網站。免費提供近兩萬個鼠腦基因表現的圖譜，以及最新的腦神經與基因表現相關研究成果給該領域的學者共享，非常值得腦神經領域的研究人員造訪。

網址：http://www.brainatlas.org/aba/


SourceForge.net

SourceForge.net，又稱SF.net，是全世界最大的開放源碼軟體開發的網站，也是全球最大開放源碼軟體的開發平台和倉庫，目前已經有超過100,000個應用程式與1,000,000個註冊使用者在此集中式資源的管理平台上開發及管理軟體。透過網路，我們即可在此平台上，我們可以找到許多實用且可自由使用的開放源碼軟體。

網址：http://sourceforge.net/


OpenForge.org

這是一個開放源碼的討論社群，在上面也有許多開放源碼的軟體提供下載使用。

網址：http://www.openforge.org/


鳥哥的私房菜

國內相當知名的linux教學與討論的網站，站長鳥哥對於linux有相當程度的知識與經驗，網站主要以redhat相關的發行套件為主，如Fedora，對於linux的基礎、架站、網路與安全等等相關議題，都有相當豐富的文件資料與討論，站上亦提供離線下載功能，可以將站上的資料下載到電腦，離線觀看。是一個非常適合新手求知或高手過招的地方。

網址：http://linux.vbird.org/


酷!學園(study area)

國內相當知名的linux教學與討論的網站，與「鳥哥的私房菜」網站不同的是，「酷!學園study area」不僅包含了linux相關的知識，對於其他如網路、網路程式設計、美工等，都有精彩的介紹，而在linux的發行套件上，主要以FreeBSD為主，對於FreeBSD的教學與相關知識，有相當詳細的介紹。
另外其討論區包含了非常多的議題，裡面包含了許多高手的經驗與問題的解決方式，非常具有參考價值，對電腦相關知識有興趣的朋友，可以到裡面挖寶，相信一定會不虛此行。

網址：http://www.study-area.org/menu2.htm



日本のバイオテクノロジー 網


http://plaza.umin.ac.jp/~life-sci/HAT-link/BioM-J.html

http://www.natureasia.com/japan/biotechnology/


yahoo

http://dailynews.yahoo.co.jp/fc/science/biotechnology/


日本生物工学会

http://www.nacos.com/sfbj/seibutu-en/


首相官邸バイオテクノロジー情報リンク集

http://www.kantei.go.jp/jp/singi/bt/link/link.html


独立行政法人　製品評価技術基盤機構

http://www.bio.nite.go.jp/


Osaka University

http://www.icb.osaka-u.ac.jp/


日本Ｗｉｋｉｐｅｄｉａのバイオテクノロジー

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%83%86%E3%82%AF%E3%83%8E%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC